民事诉讼程序一般可分为审判程序和执行程序两个阶段，并且随着审执分立原则的确立及相关法律制度的不断完善，这种阶段性特征更为明显。司法实践中，执行法官一般都不会理会当事人提出的审判程序中存在的问题。本案中，异议人对查封、冻结裁定书和协助执行通知书提出异议属于审判阶段的异议，应当在审判阶段提出。理由主要有：

一、南京某实业公司在审判程序中的消极行为使自己丧失了复议的权利。法院送达的查封、冻结裁定书中已明确告知其可以依照《民事诉讼法》第九十九条的规定申请复议一次。而南京某实业公司并未申请复议，其行为可视为放弃申请复议的权利和对法院行为的认可。另外，法律也并未规定对财产保全裁定可以提出异议。

二、该裁定书和执行通知书的溯及时效已过。《最高人民法院〈关于适用中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第一百零九条规定：“诉讼中的财产保全裁定的效力一般应维持到生效的法律文书执行时止。”财产保全裁定只是为了保证即将生效的法律文书确定的权利义务能够得以实现，从而保障当事人的合法权益得以实现，保障司法的权威得到维护。当案件进入执行程序时，裁定的历史使命就已经完成。因此，自本案进入执行程序时，该查封、冻结裁定的效力就已经终止。当然，裁定的效力终止并不是说无效，而是人为的立法设定了此裁定管辖的时间是从作出裁定起到生效的法律文书进入立案执行时止。

三、该财产保全措施已转为强制执行措施，而执行措施又非执行阶段所采取，南京某实业公司在执行阶段不能对此提出异议。《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第四条规定：“诉讼前、诉讼中及仲裁中采取财产保全措施的，进入执行程序后，自动转为执行中的查封、扣押、冻结措施，并适用本规定第二十九条关于查封、扣押、冻结期限的规定。”此条规定刚好与《民事诉讼法》解释第一百零九条衔接。后者规定了财产保全裁定效力的终止时间。裁定效力终止至执行员采取查封、冻结扣押等强制执行措施这个时间段就有一个财产控制真空。财产脱离了法院控制，有被转移的可能。此规定正好填补了这一真空。从立法者作此规定可以看出，审判程序和执行程序是两个截然不同的、分开的阶段。既然案件已进入执行阶段，只能对执行阶段所采取的的执行行为或标的提出异议，不能随意倒退至实体和程序都合法的审判程序。