2012年，南京铁路运输法院所有人财物正式移交江苏省高级人民法院，2013年7月，最高法批复同意指定南京铁路运输法院审理部分知识产权民事案件，南京中院依据江苏高院相关通知精神，2013年7月1日，在南京铁路运输法院正式开展知识产权案件“三合一”改革试点，使得全面转制后的南京铁路运输法院，除继续负责原铁路专属案件审判之外，还承担江苏知识产权专门法院的试点。南京铁路运输法院成为国内唯一经过最高人民法院批复指定审理部分知识产权民事案件的铁路运输法院。

　　虽然目前仅受理南京尚未成立知识产权庭的秦淮区、栖霞区、浦口区、溧水区、高淳区5个区的知识产权案件，不少管理管辖体系尚待进一步理顺，但试点审理知识产权案件以来，60多名审职人员已承担南京三分之一的知识产权民事、刑事、行政案件，并继续管辖涉及江苏11个地市、安徽5个地市共10条国家铁路和地方铁路支线的铁路案件。在南京中院支持下，该院通过引进人才、选派骨干实习办案，经过整合已建立起3个知识产权合议庭，还与高校等科研机构合作，建立起一支专业人民陪审员和专家咨询员队伍。

　　据了解，试点一年时，该院已受理6类知识产权民事案件384件，受理假冒注册商标、侵犯著作权等刑事案件12件，其中包括老凤祥股份公司诉苏果超市摄山星城连锁店关于“中华牌”铅笔侵害商标权纠纷、北京汉仪科印公司诉南京桂花鸭集团公司等典型案件。
　　记者从南京德本律师事务所知识产权部律师了解到，基于江苏创新战略的迫切需要，科技引领下的发展模式对智慧财产司法保护提出更高要求。南京铁路运输法院“专司知产”(即知识产权案件集中化、专业化审判)的改革构想，从转制之初就受到江苏省委、省政府、省高级法院的高度重视。随着中央关于知识产权专门法院试点精神的相继出台，该院如何彻底实现从铁路法院向专门法院转型，受到各界密切关注。